การบริโภคอาหารขยะเป็นประจำนั้นนอกจากจะเสี่ยงเกิดโรคเบาหวาน โรคหัวใจ โรคอ้วน และโรคหลอดเลือดสมอง ยังอาจส่งผลให้ระบบต่าง ๆ ของร่างกายทำงานผิดปกติ ดังนี้
- ระบบหายใจ โรคอ้วนที่มีสาเหตุส่วนหนึ่งมาจากการรับประทานอาหารขยะ อาจก่อให้เกิดภาวะแทรกซ้อนที่กระทบต่อระบบทางเดินหายใจ เช่น โรคหอบหืด หายใจถี่ เป็นต้น
- ระบบประสาทส่วนกลาง งานวิจัยหลายชิ้นอ้างว่าการบริโภคอาหารขยะเป็นประจำมีแนวโน้มก่อให้เกิดโรคซึมเศร้าได้
- ระบบกระดูก โรคอ้วนส่งผลให้ความหนาแน่นของมวลกระดูกและมวลกล้ามเนื้อลดลง และอาจทำให้กระดูกแตกหรือหักได้ง่าย นอกจากนี้ การบริโภคคาร์โบไฮเดรตและน้ำตาลทำให้เสี่ยงมีปริมาณกรดในช่องปากเพิ่มมากขึ้น ซึ่งกรดเหล่านี้อาจทำลายสารเคลือบฟัน (Tooth Enamel) และทำให้เกิดฟันผุ
- ระบบผิวหนัง เช่น เกิดอาการผื่นผิวหนังอักเสบ เนื่องจากมีงานวิจัยชิ้นหนึ่งพบว่าเด็กและวัยรุ่นที่รับประทานอาหารขยะอย่างน้อยสัปดาห์ละ 3 ครั้ง มีแนวโน้มเกิดโรคนี้มากขึ้น
- ระบบสืบพันธุ์ การรับประทานอาหารขยะเป็นประจำอาจส่งผลให้ระบบสืบพันธุ์ทำงานผิดปกติ โดยมีงานวิจัยอ้างว่าการบริโภคอาหารแปรรูปปนเปื้อนพาทาเลต (Phthalates) ซึ่งเป็นสารเคมีชนิดหนึ่งที่มักนำมาใช้ผลิตภาชนะพลาสติกบรรจุอาหาร อาจขัดขวางการทำงานของฮอร์โมนในร่างกาย ก่อให้เกิดปัญหาต่อระบบสืบพันธ์ุ และในหญิงตั้งครรภ์อาจส่งผลกระทบให้ทารกพิการแต่กำเนิดได้